从生态的角度看，现代农业根本是不可持续的。机械化耕作、化学肥料的使用、大规模单一栽培都导致了土壤的退化。害虫发展出了对杀虫剂的抗药性。终年不休的的灌溉导致涝灾、盐碱化、以及地下蓄水层的枯竭。从长期来看，所有现代农业的要素都经历着报酬递减。中国工业化、城镇化快速发展，城市迅速扩张带来的是农业的迅速萎缩。
农村农业人口减少、土地抛荒、基建征用、城市扩张使得耕地面积不断减少;水利设施荒废、工厂废物任意排放、农业农药化肥不合理使用造成土壤污染、地力下降、农作物减产；粮食种子被外资控制转基因泛滥成灾，长此以往中国不仅农作物种子被外资控制，粮食也会严重依赖进口，那时中国将受严重制于人!
打工经济造成农村空心化和农业劳动力的不足
农业相对收益连年下降、成本节节攀升，重挫农民积极性，农民外出务工普遍，农业劳动投入不足，田间管理缺失。我国城市化水平在不断提高，农村青壮年劳动力不断向城市转移，导致农村剩下的优质劳动力不多，特别是在山区、丘陵区等经济落后地区农村人口迁移多、剩余劳动力基本殆尽的情况普遍存在。
有专家认为，中国农村剩余劳动力开始枯竭，无限供给时代已经过去。农业劳动力供给大幅度减少，导致农业劳动力不足、劳动力成本上升。在充分市场化、经济效益较好的劳动力密集型农业产业领域，如设施农业、果业生产，农业生产收入相当于农业领域的自我雇佣所得，显然，再也不能像以前一样忽视农业劳动力成本。
随着农村劳动力减少、农业劳动力成本提高，用工多的北方区田法、南方桑基鱼塘已经消失;作为传统农业精髓的技术，如保持地力的施用有机肥、除草保水的土壤中耕，提高土地生产力的套作、间作，都在陆续退出生产体系，复种指数持续下降，传统精耕细作迅速退化，代之以机械、化肥、农药、免耕少耕的替代劳力技术。
农业生产日益沦为化学农业
种田大量施用化肥、农药，养殖大量使用激素已经变成了唯一的出路。于是，共和国后30年的农业，抛弃了共和国前30年主要通过兴修水利、改良土壤、培育良种等方法发展农业，施用化肥、农药只是起辅助作用生态农业模式，走上了一条种田大量施用化肥、农药，养殖大量使用激素的“美国式”化学农业道路。
由于中国耕地不到美国的一半，为取得更高的产量，今天中国使用化肥、农药、激素的单位数量已经达到了美国的数倍，成了世界上最典型的化学农业。当代农业生产与食品供应遭遇了三重危机：生态危机、生物多样性危机、水资源危机。
在工业化农业系统中，生产与过去同样多的食物，我们现在用的水相比过去多了十倍，因为农业成为基于化学品的农业。75%的土壤已经失去了肥力，并且正在向沙漠化发展。联合国已经认识到，化学农业方法是造成土壤非常严重破坏的重要原因。
发达国家为防止化肥对土壤和水体造成危害而设置了225公斤/公顷的安全上限，我国已经达到了400公斤/公顷以上，远远超出发达国家每公顷225公斤的安全上限。我国过度使用化肥造成土壤地质下降，因此化肥使用量并未与农作物产量成正比。
除了不合理使用化肥对土壤造成破坏之外，农药不合理使用也是造成土壤污染的一个重要因素。我国是世界第一农药消费大国，单位面积化学农药的平均用量比世界平均用量高2.5倍—5倍。
此外中国农膜使用面积已突破亿亩，我国每年约有50万吨农膜残留于土壤中，残膜率达40%。大部分农膜不易分解，不但破坏了土壤结构，阻碍了作物根系对水的吸收和生长发育，降低了土壤肥力，造成地下水难以下渗，而且残膜在分解过程中会析出铅、锡、酞酸脂类化合物等有毒物质，造成新的土壤环境污染。农业生产过程中，化肥、农药、农膜等的大量使用已经造成了严重的大气、土壤和水污染。
畸形的农业机械化道路
改革后，土地被划分为无数的小块分给了单个农户，机械化农业也不得不让位于原始的间断的个人耕作了。农民们没有选择，只有抛弃他们先进的农机，重新扛起了锄头。而银行向村里索要贷款时，村里的头头们说：把机器拿走吧!银行自然是不可能找到买主的，所以直到今天，这些施肥机、平土机、喷雾器、喷灌系统、玉米收割机、干燥机都躺在院子里慢慢的锈烂，默默的述说着那个过去的年代，那个被刻意回避的年代。”
机械化程度的水平正在成为中国地域差距的一个新的体现，并且还有不断扩大的趋势。“出租收割机队”并不是一个健康的农业机械化道路，由于机器掌握在少数人手中，广大农民是缺乏议价权的，它进一步摊薄了农民的农业生产收入，使农业生产越来越沦为一项副业，农业生产的积极性进一步下降。但在壮劳动力都外出打工的情况下，农民只能被迫接受这一状况。
